Pesantren PAQUSATTA didirikan oleh para pengurus dan penggiat Yayasan Sentra Generasi Harapan, pada tahun 2015, sebagai bentuk kepedulian dan keinginan untuk ikut membina dan mendidik para remaja dan pemuda di Kutai Timur.
Pesantren PAQUSATTA kemudian terdaftar di Kementerian Agama Republik Indonesia dengan Izin Operasional No. 1259, No NSPP 502364080025, dikeluarkan pada 31 Agustus 2020.
Untuk pengakuan ijazah pendidikan umum, Pesantren PAQUSATTA bekerja sama dengan PKBM Generasi Mandiri mulai tahun 2020. Para santri Pesantren PAQUSATTA, selain mendapatkan ijazah pendidikan agama dari Pesantren, juga akan mendapatkan ijazah pendidikan umum dari PKBM Generasi Mandiri ini.
Pesantren Al-Qur'an Sangatta Taqwa 